Новые сведения о генетической информации байкальских эндемиков получают с помощью ультрасовременного генетического анализатора российского производства «Нанофор-05» ученые НИИ биологии Иркутского государственного университета.
Прибор «Нанофор-05» предназначен для секвенирования ДНК методом Сэнгера, то есть расшифровки последовательности конкретных генов — это очень широкая область применения. Прибор эквивалентен зарубежным аналогам, при этом ученые отмечают его высокую точность при чтении последовательностей ДНК, а также, с технической стороны, очевидное преимущество в скорости доставки комплектующих и возможности быстро связаться со специалистами.
Полина Дроздова, ведущий научный сотрудник НИИ биологии ИГУ:
— Мы используем прибор во всех наших исследованиях, хотя и с разной интенсивностью. Можно условно подразделить анализы на приборе «Нанофор» на две категории: проверка получаемых генно-инженерных конструкций и получение новых сведений о генетической информации байкальских эндемиков. Полученные конструкции могут быть использованы, например, для продукции уникальных белков из байкальских эндемиков в лабораторных штаммах микроорганизмов или создания микробных сенсоров. В такой работе этап секвенирования является техническим, но это одна из ключевых и абсолютно необходимых проверок. В направлении секвенирования тоже уже есть достаточно много результатов. В частности, мы уже успешно занимаемся анализом маркерных последовательностей байкальских эндемичных рачков-бокоплавов.
«Нанофор» выполняет только один этап в процессе определения последовательности гена — разделение фрагментов и детекцию сигнала каждого полученного фрагмента, из которых затем и складывается последовательность. Непосредственно эта часть работы занимает около двух часов без учёта технического обслуживания прибора. Само исследование образца, уверяют ученые ИГУ, можно уложить в один-два рабочих дня.
Полина Дроздова:
— Например, необходимо уточнить таксономическую принадлежность (вид, штамм и т.п.) образца организма. Для этого из материала выделяется ДНК (от 10 минут до 4 часов в зависимости от типа материала и метода), с выделенной ДНК проводится полимеразная цепная реакция (около двух часов), чтобы получить в большом количестве копий нужный участок. Затем требуется очистить продукт реакции и поставить уже следующую реакцию, которая будет направлена не на увеличение количества копий, а на создание набора фрагментов всех возможных длин, содержащих в виде флуоресцентного сигнала информацию о том, какой нуклеотид находится на конце фрагмента (ещё около часа).
После проведенной подготовительной работы образец проходит еще одну стадию очистки, и только после этого он поступает для анализа в «Нанофор-05».
Отметим, новый отечественный прибор (производитель — российская компания «Синтол») позволяет не только ускорить исследования ученых ИГУ. Важным является и его использование в образовательном процессе, позволяющее студентам глубже понять эволюционные процессы, происходящие в Байкале.
