Выполняя проект, ученые планируют получить ответы на ряд фундаментальных и методических вопросов. В частности, фундаментальные вопросы эволюции геномов касаются распределения в них повторяющихся последовательностей. Повторы в ДНК часто являются фактором, определяющим размер генома, и специфичны для конкретных групп живых организмов. Ранее их считали «мусорной ДНК», но в последние годы накапливается всё больше и больше сведений о важности повторов для биологического разнообразия и эволюции. Конкретно в рамках проекта будет рассмотрен вопрос о том, обладают ли две группы байкальских амфипод (потомки первой и второй волны вселения в Байкал), а также родственный потомкам второй волны вселений голарктический вид Gammarus lacustris, схожим разнообразием и распределением повторяющихся последовательностей по хромосомам или они уникальны для представителей каждого из вселений или даже для отдельных родов.
Повторы также представляют большую проблему для сборки геномов, прочтённых с помощью методов секвенирования второго поколения. Эту проблему можно попробовать решить с помощью гибридной сборки, т.е. комбинирования данных секвенирования второго поколения (коротких, но точных участков) и третьего поколения (длинных последовательностей, прочтённых с большим количеством ошибок). В данном проекте на примере байкальского эндемика будет рассмотрен конкретный вопрос: может ли гибридная сборка при использовании небольшого количества длинных чтений существенно улучшить и упростить сборку сложных геномов?
Полина Дроздова отметила, что основным фундаментальным результатом проекта будет определение вероятных механизмов, обеспечивающих происходящие в данный момент процессы видообразования в озере Байкал. Материалы исследования будут иметь несомненную значимость для разработки эффективных методов экологического мониторинга и предсказания последствий глобальных климатических изменений для фауны озера.
