На биолого-почвенном факультете Иркутского государственного университета провели пробный запуск нового современного научного прибора, предназначенного для анализа геномов. Тестовые пробы высокопроизводительного полногеномного секвенатора NextSeq 550 (Illumina) показали очень высокую производительность и мощность этой системы, ее универсальность и простоту в обслуживании.

Секвенатор является основной частью новейшего геномного комплекса, который формируется на базе биолого-почвенного факультета и Центра экологических исследований и образования ИГУ по программе целевой субсидии Министерства науки и высшего образования РФ.

Аркадий Матвеев, декан биолого-почвенного факультета ИГУ, доктор биологических наук:

— В настоящее время биология переживает бум полногеномных исследований — анализ геномов, транскриптомов и метагеномов является самыми современным направлением в изучении биологического разнообразия и физиологических процессов, протекающих в живых системах. С приобретением секвенатора теперь и мы на базе биолого-почвенного факультета ИГУ сможем производить одновременный анализ сразу нескольких геномов. Соответственно, у нас существенно расширяются возможности для сотрудничества как с институтами Иркутского научного центра, так и с другими университетами, проводящими исследования в области анализа геномов.

Аркадий Матвеев также подчеркнул, что еще одним важнейшим положительным эффектом от приобретения научного прибора высокого класса станет возможность подготовки специалистов по направлению полногеномного секвенирования и его анализа.

Обучение для работы на новом оборудовании прошли несколько сотрудников биолого-почвенного факультета, в том числе Василий Павличенко, доцент кафедры физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики:

— Без привлечения геномных технологий невозможны переход к новой экономике и встраивание в мировые научные направления. На территории Иркутской области актуальными задачами являются исследования биологического разнообразия уникальной экосистемы озера Байкал и его прибрежной части. С помощью секвенатора NextSeq 550 возможно определять нуклеотидные последовательности биотехнологически ценных видов Байкальской Сибири. Создание геномной базы данных биоты Байкальской Сибири позволит начать поиск новых кандидатных генов для создания новых ценных продуцентов биологически активных соединений, а также высокопродуктивных трансгенных культур, включая растения, животных и микроорганизмы.

Еще один сотрудник факультета, который будет непосредственно работать на новом научном устройстве — Марина Протопопова, доцент кафедры физико-химической биологии, биоинженерии и биоинформатики. Ученый отметила большую роль прибора в решении прикладных задач:

— Секвенатор может быть интересен для исследований в области разработки подходов к генной терапии и персонализированной медицины. В последнем случае полезной функцией прибора является возможность сканирования биочипов, что позволяет исследовать особенности генома конкретного человека.

Отметим, кроме полногеномного секвенатора для увеличения эффективности всего геномного комплекса биолого-почвенного факультета ИГУ на средства целевой субсидии Минобрнауки России также приобретена новейшая станция автоматического электрофореза для анализа качества ДНК TapeStation 4150 (Agilent). Ее отладка и запуск планируются в конце 2020 года.