Aujourd'hui, l’Université comprend 8 instituts et 11 facultés
Instituts:
- Ecole du business internationale du Baїkal de l’UÉI
- Institut de formation supplémentaire
- Institut des mathématiques, d'économie et d'informatique
- Institut des sciences sociales
- Institut de philologie, langues etrangères et communication médiatique
- Institut international d’économie et de linguistique
- Institut pédagogique
- Institut de droit
Facultés:
- Faculté de biologie et de sol
- Faculté de géographie
- Faculté de géologie
- Faculté d’histoire
- Faculté préparatoire
- Faculté américo-sibérienne
- Faculté de business et gestion
- Faculté de communication commerciale et d'informatique
- Faculté de psycologie
- Faculté de physique
- Faculté de chimie
Organisations scientifiques:
- Institut de recherche de biologie
- Institut de recherche de synthèse chimique du charbon et petrol (ISCCP)
- Institut de recherche de physique appliquée
- Institut de recherche de protection légale du lac Baïkal
- Centre de recherche « Région de Baïkal »
- Observatoire astronomiqe de l’Université d’Etat d’Irkoutsk
- Jardin botanique de l’Université d’Etat d’Irkoutsk
- Institut inter-régional des sciences publiques (IIRSP)
- Laboratoire de chimie quantique
- Laboratoire de démographie historique et politique
- Laboratoire sociologique des problèmes régionaux et des innovations
